在分子生物學(xué)研究中,簡(jiǎn)并引物是常用的工具。那么簡(jiǎn)并引物中的簡(jiǎn)并度是什么意思呢?簡(jiǎn)并度是簡(jiǎn)并引物的一個(gè)關(guān)鍵概念。它反映了引物中堿基序列的變化程度。由于遺傳密碼的簡(jiǎn)并性,即多種密碼子可編碼同一種氨基酸,在設(shè)計(jì)針對(duì)特定蛋白質(zhì)編碼基因的引物時(shí),就會(huì)出現(xiàn)多種可能的堿基組合,這些組合的數(shù)量就是簡(jiǎn)并度。了解簡(jiǎn)并度對(duì)于引物設(shè)計(jì)至關(guān)重要,合適的簡(jiǎn)并度能提高引物與模板結(jié)合的特異性和擴(kuò)增效率,對(duì)后續(xù)的實(shí)驗(yàn)結(jié)果有著直接影響。
1、就是簡(jiǎn)并堿基的乘積。比如aaggtt(a/c/g)tt(t/a)ggt(g/c)括號(hào)里面的是簡(jiǎn)并堿基,乘積是3*2*2=12簡(jiǎn)并度就是12。
2、簡(jiǎn)并引物是指代表編碼單個(gè)氨基酸所有不同堿基序列可能性引物的混合物。PCR為了增加特異性,可以參考密碼子使用表,根據(jù)不同生物的堿基使用偏好,減少簡(jiǎn)并性。簡(jiǎn)并度越低,產(chǎn)物特異性越強(qiáng),設(shè)計(jì)引物時(shí)應(yīng)盡量選擇簡(jiǎn)并性小的氨基酸,并避免引物3’末端簡(jiǎn)并。
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